据美国CDC报道，非淋菌性尿道炎患者中，25%～55%的病例由沙眼衣原体(Chlamydiatrochomatis，Ct)引起，20%～40%的病例由解脲支原体(Ureaplasmaurealyticum，Uu)引起，2%～5%的病例由阴道毛滴虫引起，单纯疱疹病毒偶尔是NGU的病因。
尚有少数病例病因目前尚不明了。衣原体广泛寄生于人类、哺乳动物及鸟类，仅少数致病，其中引起人类疾病的有沙眼衣原体、肺炎衣原体和鹦鹉热衣原体。沙眼衣原体含4个生物变型(生物型)(biovar)，可能是不同的微生物。鼠和猪亚型尚未发现感染人类。第3种是引起性病淋巴肉芽肿的生物型，即LGV型。第4种生物型(沙眼型)主要引起生殖道感染和沙眼。沙眼生物变种又可分为A～K12种血清变型(血清型)(serovars)，A、B、Ba、C4种血清型引起沙眼，D～K8种血清型引起泌尿生殖系统感染。LGV可分为L1、L2、L33种血清型，引起性病性淋巴肉芽肿。
衣原体在细胞内生长繁殖，有独特的发育周期，可观察到两种不同的颗粒结构，一种为始体(initialbody，繁殖型)，呈圆形或卵圆形；另一种为原体(elementarybody，感染型)，呈球型。每个发育周期约需40h。衣原体对热敏感，56～60℃仅能存活5～10min，在-70℃可保存数年。0.1%甲醛或0.5%苯酚(石炭酸)可将衣原体在短期内杀死，75%乙醇在半分钟内即可将衣原体杀死。
