非淋茵性尿道炎是指由淋菌以外的其它病原体，主要是沙眼衣原体、尿素分解支原体所引起的尿道炎。沙眼衣原体感染的发病机制仍不明。衣原体感染的疾病过程和临床表现，可能就是衣原体复制的组织损害和衣原体激起的炎症反应以及宿主细胞破坏的坏死物质等产生的综合影响。衣原体感染引起大量免疫反应，有证据表明，衣原体病部分是过敏反应所致，或者就是免疫病理性疾病。
大多数衣原体感染都只是受累部位数量相对较少的部分细胞受到感染。由于每个包涵体每次都释出大量活原体，而附近感染的细胞却相对较少，因此肯定有限制传染性的控制机制。此机制仍未尽悉，但T细胞功能似甚重要。已发现淋巴因子对衣原体有抑制作用。沙眼衣原体对α、β、γ干扰素都敏感，γ干扰素似更重要。γ干扰素似能延长发育周期，使网体存在较长时间。
γ干扰素的明显作用，可能是对感染的控制而非对新感染的保护。因此可能与感染的清除有关。中和抗体也有可能起到作用，但中和抗体的作用机制亦待澄清。抗体能中和细胞培养中衣原体传染性。抗体能抑制衣原体对非专业吞噬细胞表面的附着，或使之不能抑制吞噬溶酶体融合，或防止原体和网体通过交联表面蛋白而发生的形态学转变。
