淋病确诊时，因为病人有时隐秘病史，或因为失治、误治，表现不典型，容易被误诊为非淋菌性尿道炎、前列腺炎及泌尿系感染。所以淋病的确诊有必要根据病史、临床表现和实验室成果进行综合剖析，稳重作出确诊。
首要，病人易把淋病与非淋菌性尿道炎混杂一同，非淋菌性尿道炎常为衣原体、支原体、滴虫等感染导致，也是性传播性疾病之一，也有尿频、尿急、尿痛和尿道口分泌物，表现与淋病很像。它们之间首要的差异在于淋病病人尿道口有黄稠分泌物，而非淋菌性尿道炎病人尿道口仅有清稀分泌物。淋病淋球菌查看为阳性，而非淋菌性尿道炎淋球菌查看为阴性。此外，非淋菌性尿道炎直接涂片在1000倍显微镜视野下多形核白细胞数>5个，这一点也有确诊含义。
其次，前列腺炎也可呈现尿频、尿急、尿痛，但无脓尿。男性前列腺炎可分为感染性前列腺炎和非感染性前列腺炎，临床上最常见的对错感染性前列腺炎，它是因为前列腺缓慢充血，或一些不适当的影响，导致前列腺炎症。缓慢前列腺炎于尿终末尿道口有白色渗液，而缓慢淋病在尿初见白色粘液。前列腺炎多有会阴部肿痛不适。进一步查看需作前列腺液的培育来确定。
再者，与泌尿系感染差异开来。泌尿系感染通常为大肠杆菌导致急性泌尿系感染，常见于小孩和妇人，可呈现尿频、尿急、尿痛，但无脓性分泌物。病人无不洁性交史，作尿常规查看可见红白血球，淋球菌查看为阴性。而淋病有典型的不洁性交史，除有尿频、尿急、尿痛等膀胱影响表现外，特别是有尿道口溢脓的表现，脓液黄稠，取脓液作淋球菌培育为阳性。
